财政部台北国税局指出，营利事业给付薪资给员工，属於所得税法第88条规定应扣缴的所得，须由该营利事业之负责人（即扣缴义务人）依薪资所得扣缴办法规定办理扣缴；又依所得税法第14条第1项第3类第4款本文规定，薪资收入包括薪金、俸给、工资、津贴、岁费、奖金、红利及各种补助费，另依财政部69年6月12日台财税第34657号函规定，员工因业务需要，於平时工作时间以外延长工作时间支领之加班费，如未超过劳动基准法第32条规定之标准者，可适用所得税法第14条第1项第3类第4款但书规定，免纳所得税，并免予扣缴。惟如不论有无加班及加班时数多寡，一律按月定额给付者，则属同条款规定之津贴，应并同薪资所得办理扣缴，并列入该员工之薪资所得。

该局举例说明，A公司107年度与甲君约定每月薪资100,000元，及按月额外给付加班费25,000元，惟A公司仅以甲君月薪100,000元扣缴税款。经该局查核发现，A公司不论甲君每月加班时数多寡，均并同当月薪资定额给付其加班费25,000元，该局遂依前揭法令规定，核认A公司之负责人（即扣缴义务人）未依规定办理扣缴，除限期责令补缴短扣之税款及补报扣缴凭单外，并按所得税法第114条规定处以罚锾。

该局呼吁，扣缴义务人请留意上述法令规定，以免受罚，如有上述短扣缴之情事，凡未经检举、未经税捐稽徵机关或财政部指定之调查人员进行调查，自动向税捐稽徵机关补报并补缴税款者，可适用税捐稽徵法第48条之1规定，加计利息免罚。