財政部臺北國稅局指出，營利事業給付薪資給員工，屬於所得稅法第88條規定應扣繳的所得，須由該營利事業之負責人（即扣繳義務人）依薪資所得扣繳辦法規定辦理扣繳；又依所得稅法第14條第1項第3類第4款本文規定，薪資收入包括薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費，另依財政部69年6月12日台財稅第34657號函規定，員工因業務需要，於平時工作時間以外延長工作時間支領之加班費，如未超過勞動基準法第32條規定之標準者，可適用所得稅法第14條第1項第3類第4款但書規定，免納所得稅，並免予扣繳。惟如不論有無加班及加班時數多寡，一律按月定額給付者，則屬同條款規定之津貼，應併同薪資所得辦理扣繳，並列入該員工之薪資所得。

該局舉例說明，A公司107年度與甲君約定每月薪資100,000元，及按月額外給付加班費25,000元，惟A公司僅以甲君月薪100,000元扣繳稅款。經該局查核發現，A公司不論甲君每月加班時數多寡，均併同當月薪資定額給付其加班費25,000元，該局遂依前揭法令規定，核認A公司之負責人（即扣繳義務人）未依規定辦理扣繳，除限期責令補繳短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按所得稅法第114條規定處以罰鍰。

該局呼籲，扣繳義務人請留意上述法令規定，以免受罰，如有上述短扣繳之情事，凡未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查，自動向稅捐稽徵機關補報並補繳稅款者，可適用稅捐稽徵法第48條之1規定，加計利息免罰。