财政部南区国税局表示，包作业营业人承包工程，如因工程逾期遭发包人依工程合约处以罚款，发包人并自其应付工程款直接扣抵罚款者，由於被处罚款与依限开立发票系属二事，承包人不得因以应收工程款抵付逾期完工罚款而免除开立发票与报缴税款之义务，仍应依工程总额按工程合约所载每期应收价款时开立统一发票，报缴营业税。

该局举例说明，甲公司承揽乙公司厂房整建工程，工程造价1千万元（不含税，下同），嗣因工程延宕未能如期完工，乙公司依约定自应付尾款100万元中扣除逾期违约金40万元，甲公司却以相抵后净额60万元开立统一发票，经国税局查获40万元漏未开立发票及申报销售额，除补徵营业税2万元外，并裁处罚锾。

财政部南区国税局特别提醒，包作业营业人如有因逾期完工或违约，而遭发包人扣款，於开立统一发票时，应多加留意，切勿以相抵后净额开立发票，应依工程合约所载每期应收价款开立发票，，以免遭补税及处罚。