财政部台北国税局说明，所得基本税额条例立法目的在维护租税公平，使适用租税减免规定而缴纳较低税负或完全免税之营利事业或个人，能缴纳最基本税额之税制。营利事业如有所得税法第4条之1及第4条之2规定停徵所得税之证券及期货交易所得、合於奖励规定之各项免税所得、国际金融（含证券、保险）业务分行免税所得、其他经财政部公告之减免所得税之所得额及不计入所得税之所得额，应依所得基本税额条例相关规定计算营利事业之基本税额。

该局举例，甲公司办理106年度营利事业所得税结算申报，课税所得额虽为0元，惟当年度有出售乙公司股票所产生之证券交易所得4,460万元，甲公司於办理结算申报时，虽一并计算、申报基本所得额及基本税额，惟漏未申报该笔证券交易所得，致短漏报基本所得额及短漏基本税额，违反所得基本税额条例之规定，经该局查获，除予以补徵税额外，并依该条例第15条第1项规定，按所漏税额处2倍以下罚锾。